К июлю 1942г. в составе 4 дальнего разведывательного авиационного полка (командир- майор Берман Семен Давидович, военком- батальонный комиссар Артемьев Борис Павлович).

Семен Федорович техник авиационный в составе 2-ой авиаэскадрилья полка (командир эскадрильи старший лейтенант Колодяжный Сергей Амвросиевич). 

На базе эскадрильи была сформирована оперативная группа полка, которая действовала с оперативного аэродрома Добринка (Тамбовская обл.) в интересах Юго-Западного и Степного фронтов. В 1942г. группой руководил старший лейтенант Гаврилов Дмитрий Дмитриевич.

Самолет Пе-2 экипаж: командир Колодяжный Сергей Амвросиевич, штурман авиаэскадрильи Сафронов Алексей Иванович, воздушный стрелок-радист Горкин Леонид Константинович. Технический персонал: старший техник Ходосевич Василий Иванович. техник Амелин Семен Федорович, моторист авиационный Кокшаров Семен Филиппович.

Экипаж вел разведку глубокого тыла противника в районах Курск- Льгов, Касторная, Старый Оскол, Белгород, на Юго-Западном фронте в районах Тацинская. Миллерово, Суровикино, Ростов, Таганрог, Сталино, Макеевка, Горловка, Ворошиловград.

К средине февраля 1943г. старшина Амелин подготовил самолет к 100 боевым вылетам, без случаев отказа материальной части по его вине. 

Приказом от 16 февраля 1943г. был награжден медалью «За боевые заслуги».

Награжден медалью «За оборону Сталинграда».

В январе 1943г. командование полком принял подполковник Артемьев Борис Павлович.

В июне 1943г. полк был преобразован в 98 отдельный гвардейский разведывательный авиаполк. 

В 1943г. полк участвовал в Курской битве, освобождении Украины.

В 1944г. полк вел разведку в Львовской, Житомирской, Тернопольской, Брестской областях, в Польше.

05 октября 1944г. командиром полка был назначен гвардии подполковник Звонцов Федор Федорович.

В 1945г. полк вел разведку оборонительных рубежей и передвижения войск противника в Польше, Чехословакии и Германии.

Гвардии старшина Амелин 07 июня 1945г. с ранением в живот поступил в эвакогоспиталь ЭГ 1846. В тот же день скончался. Был похоронен на русском кладбище г.Лигниц, Селезия, Германия (совр. г.Легница, Польша).