Служил в 457 ближнем бомбардировочном авиаполку.

К марту 1943г. в составе 1 авиаэскадрильи (командир эскадрильи гвардии майор Плитка Григорий Саввич) 4 дальнего разведывательного авиационного полка (командир полка- подполковник Артемьев Борис Павлович). На вооружении полк имел самолеты Пе-2, Пе-3, американские «Аэрокобра».

Оперативная группа полка а составе 1 авиаэскадрильи базировалась на аэродроме Курск-Центральный.

24 апреля экипаж самолета Пе-2: летчик капитан Аленин, штурман старший лейтенант Шевченко Павел Федорович, воздушный стрелок-радист старшина Лукьянчук Трофим Якимович- выполнил разведку районов Рыльск- Эсмань- Шостка- Новгород Северский.

25 апреля экипаж Аленин, Шевченко, Лукьянчук выполнил фотографирование маршрута Гнездилово- Гнилое Болото- Богдановка- Роговка.

17 июня 1943г. полк был преобразован в 98 отдельный гвардейский разведывательный авиаполк. 

Семен Кириллович назначен заместителем командира авиаэскадрильи.

05 июля 1943г., в первый день Курской битвы, экипаж: летчик гвардии капитан Аленин, штурман эскадрильи гвардии капитан Степин Кузьма Иванович, воздушный стрелок-радист гвардии старший сержант Разиньков Семен Петрович на самолете Пе-2 выполнили успешный разведывательный полет в район Кромы- Шумановка- Воронец- Никольское- Змиевка- Глазуновка. Над Змиевкой экипаж был атакован тройкой истребителей Ме-109 (Мессершмитт). Умелым маневром летчик оторвался от преследователей. Экипаж выполнил задание.

06 июля 1943г. экипаж: летчик Аленин, старший летнаб гвардии старший лейтенант Шевченко,  стрелок-радист Разиньков, на самолете Пе-2 выполнили успешный разведывательный полет в район Брянск- Орел.

28 июля 1943г. экипаж самолета Пе-2 №38: Аленин, летнаб гвардии лейтенант Савчук Анатолий Макарович, стрелок-радист Разиньков выполнил разведку района Хутор Михайловский- Новогород-Северский- Трубчевск- Севск.

К концу июля 1943г. гвардии капитан Аленин совершил 12 успешных боевых вылетов на разведку. Был представлен к ордену Красного Знамени. Приказ о награждении от 15 октября 1943г.

05 августа 1943г. экипаж самолета Пе-3 №31: Аленин- Степин, взлетев в 04-50, за 2 часа 43 минуты полета произвел разведку района Рыльск- Конотоп- Бахмач- Киев- Ворожба.

15 августа 1943г. экипаж: летчик Аленин, штурман Степин, воздушный стрелок-радист Кулагин Федор Михайлович на самолете Пе2 №38 в 12-03 взлетел с аэродрома Курск. Выполнил фотографирование площадей в районе Упарей- Ново-Ямское- Светово. В 13-18 вернулся на свой аэродром.

05 сентября 1943г. экипаж Аленин- Степин выполнил задание по фотографированию железнодорожных мостов на участке Нежин- Киев.

В декабре 1943г. гвардии майор Плитка передал командование эскадрильей гвардии майору Аленинину.

С 17 декабря 1943г. полк вел разведку в интересах командования 1 Украинского фронта.

04 апреля 1944г. экипаж самолета Пе-2 №14: Аленин, Степин, стрелок-радист гвардии старший сержант Рассказов Алексей Яковлевич, вылетев с аэродрома Тирановка, выполнил разведку в районах Чертков- Скала- Залещики- Езерна.

14 мая экипаж Аленин, Степин, Разиньков, вылетев с аэродрома Соловье, выполнил разведку в районах Радзехув- Каменка- Грудск- Львов.

К концу июня 1944г. Семен Кириллович совершил 25 боевых вылетов на разведку, эскадрилья под его руководством совершила 385 боевых вылетов.

Приказом от 05 июля 1944г. Семен Кириллович был награжден орденом Суворова III степени.

05 октября 1944г. командиром полка был назначен гвардии подполковник Звонцов Федор Федорович.

За долголетнюю и безупречную службу в ноябре 1944г. Семен Кириллович был награжден орденом Красной Звезды.

К февралю 1945г. совершил еще 5 боевых вылетов, экипажи эскадрильи- 365.

Приказом от 08 марта 1945г. гвардии майор Аленин был награжден орденом Александра Невского.

Награжден медалями «За взятие Берлина», «За освобождение Праги», «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.».

Гвардии майор Аленин был уволен в запас 08 января 1946г.