Ход операции
Наступление войск Красной армии на Кёнигсберг началось утром 6 апреля 1945 года[6].

Для прорыва Кёнигсбергского укреплённого района вермахта и штурма города Кёнигсберга[4] были созданы 26 штурмовых отрядов и 104 штурмовые группы — как из стрелковых частей, так и из инженерных войск (в составе десяти инженерно-сапёрных бригад, трёх штурмовых инженерно-сапёрных бригад, двух моторизованных инженерных бригад и одной понтонной бригады).

Кроме того, в штурме участвовали советские химические войска — 7 отдельных огнемётных батальонов, рота фугасных огнемётов и 5 отдельных рот ранцевых огнемётов. Эти подразделения были распределены по штурмовым отрядам и штурмовым группам.

Штурм Кёнигсберга начался в 9 часов утра мощной артподготовкой, затем, в 12 часов, под прикрытием огневого вала в наступление пошли пехота, танки и самоходные орудия. Согласно плану, основные силы обходили форты, которые блокировались стрелковыми батальонами или ротами при поддержке самоходных орудий, подавлявших вражеский огонь, сапёров, использовавших подрывные заряды, и огнемётчиков.

Большую роль в штурме города и крепости Кёнигсберг сыграли штурмовые отряды. Они состояли из стрелковых рот, нескольких артиллерийских орудий калибром от 45 до 122 мм, одного или двух танков или самоходных орудий, взвода станковых пулемётов, миномётного взвода, взвода сапёров и отделения огнемётчиков.

Немцы оказывали упорное сопротивление, однако к исходу дня советская 39-я армия вклинилась в оборону противника на несколько километров и перерезала железную дорогу Кёнигсберг — Пиллау. 43-я, 50-я и 11-я гвардейская армии прорвали первый оборонительный обвод. Спустя два дня советские войска захватили порт и железнодорожный узел города, промышленные объекты и отрезали гарнизон Кёнигсберга от земландской группировки немцев.

Гитлер отдал кёнигсбергскому гарнизону строжайший приказ — удерживать крепость до последнего солдата. Специальные отряды эсэсовцев и гестаповцев расстреливали на месте каждого немецкого солдата или офицера, который пытался самовольно оставить позиции или сдаться в плен[3].

8 апреля гитлеровским войскам было предложено сдаться. Они отказались и продолжили сопротивление. Некоторые части гарнизона попытались отступить на запад, но были перехвачены советской 43-й армией.

Пленные немецкие солдаты и офицеры у Королевских ворот Кёнигсберга. 12 апреля 1945 года.

Немецкие военнопленные, захваченные при взятии Кёнигсберга. Апрель 1945 года.

«Башня Дона» в бывшем Кёнигсберге (вид с тыла) — последний очаг немецкой обороны (ныне — «Музей янтаря» на площади Маршала Василевского в Калининграде). 8 мая 2017 года.
После массированной бомбардировки и штурма крепости 11-й гвардейской армией, 9 апреля 1945 года немецкий гарнизон капитулировал по приказу коменданта города и крепости Кёнигсберг генерала от инфантерии Отто фон Ляша, подписавшего акт о капитуляции. За это Гитлер «в бессильной ярости» заочно приговорил Ляша к смертной казни[5].

«Войска 3-го Белорусского фронта после упорных уличных боёв завершили разгром Кёнигсбергской группы немецких войск и сегодня, 9 апреля, штурмом овладели крепостью и главным городом Восточной Пруссии Кёнигсберг — стратегически важным узлом обороны немцев на Балтийском море.

За день боёв к 20 часам войска фронта взяли в плен свыше 27 000 немецких солдат и офицеров, а также захватили большое количество вооружения и разного военного имущества.

Остатки Кёнигсбергского гарнизона во главе с комендантом крепости — генералом от инфантерии Ляш и его штабом сегодня, в 21 час 30 минут, прекратили сопротивление и сложили оружие.

… В боях за Кёнигсберг советские воины вписали ещё одну славную страницу в историю героической борьбы Красной Армии против немецко-фашистских захватчиков.»
— От «Советского информбюро». Оперативная сводка за 9 апреля 1945 года[3].
Командующий войсками 3-го Белорусского фронта Маршал Советского Союза Александр Михайлович Василевский в своих воспоминаниях «Дело всей жизни» (Москва, «Политиздат», 1978 год) рассказал, какую оценку наступательной операции Красной армии дал на допросе в штабе фронта капитулировавший комендант города и крепости Кёнигсберг генерал Отто фон Ляш:
«Солдаты и офицеры крепости в первые два дня держались стойко, но русские превосходили нас силами и брали верх. Они сумели скрытно сосредоточить такое количество артиллерии и самолётов, массированное применение которых разрушило укрепление крепости и деморализовало солдат и офицеров. Мы полностью потеряли управление войсками. Выходя из укрепления на улицу, чтобы связаться со штабами частей, мы не знали, куда идти, совершенно теряя ориентировку, настолько разрушенный и пылающий город изменил свой вид. Никак нельзя было предполагать, что такая крепость, как Кёнигсберг, столь быстро падёт. Русское командование хорошо разработало и прекрасно осуществило эту операцию. Под Кёнигсбергом мы потеряли всю 100-тысячную армию. Потеря Кёнигсберга — это утрата крупнейшей крепости и немецкого оплота на Востоке».
— Отто фон Ляш, генерал от инфантерии, комендант города и крепости Кёнигсберг, 9 апреля 1945 года[5].
10 апреля были в основном ликвидированы последние очаги сопротивления немцев в Кёнигсберге. На «Башне Дона» было водружено Знамя Победы.В результате Кёнигсбергской наступательной операции основные силы восточно-прусской группировки немецко-фашистских захватчиков были разгромлены. Осталась только земландская группировка противника, которая была ликвидирована 25 апреля 1945 года.

По советским данным, в ходе операции войсками 3-го Белорусского фронта РККА в плен были взяты 93 853 военнослужащих противника, убиты около 42 000 немецких солдат и офицеров, захвачены более 2 тысяч орудий, 1 652 миномёта и 128 самолётов. По оценке доктора исторических наук Геннадия Кретинина, из общей массы пленных около 25-30 тысяч были гражданскими лицами, оказавшимися также в сборных пунктах военнопленных, где потом уже велось разбирательство кто гражданский, а кто военный. Поэтому историк приводит цифру в 70,5 тысячи пленных немецких военнослужащих, которая подтверждена документами и донесениями[1].

С 1 по 10 апреля 1945 года, также по советским данным, потери войск 3-го Белорусского фронта, которые вели активные боевые действия в этот период при штурме Кёнигсберга, составили 3 700 человек убитыми. По оценке доктора исторических наук Геннадия Кретинина, операция была подготовлена и проведена «не числом, а умением»[1].

Победоносное завершение штурма Кёнигсберга было отмечено салютом высшей категории в Москве 9 апреля 1945 года:
«Сегодня, 9 апреля, в 24 часа столица нашей Родины Москва от имени Родины салютует доблестным войскам 3-го Белорусского фронта, завершившим разгром кёнигсбергской группы немецких войск и овладевшим городом и крепостью Кёнигсберг, двадцатью четырьмя артиллерийскими залпами из трёхсот двадцати четырёх орудий.»
— Из Приказа Верховного Главнокомандующего Маршала Советского Союза И. В. Сталина № 333 от 9 апреля 1945 года[2].
Позже, 9 июня 1945 года, Указом Президиума Верховного Совета СССР была учреждена медаль «За взятие Кёнигсберга», которой по состоянию на 1987 год награждены около 760 000 человек.

97 воинским соединениям и частям, наиболее отличившимся в боях за овладение городом и крепостью Кёнигсберг, присвоено почётное наименование «Кёнигсбергских»[2][5].