Капитан в/с Ахметханов участвовал с 8 июля 1941г.  в качестве начальника ветеринарной службы артиллерийского кавалерийского полка в Великой Отечественной войне. Оказавшись в окружении, с 11 октября 1941 г. был в плену у немцев, бежал и проживал на территории Украины, временно оккупированной немцами, по август 1943 г. С сентября 1943 г. проходил спецпроверку СМЕРШ. С декабря 1943г. по январь 1944 г. в штрафбатальоне. С 21 июня 1944 г. работал в фронтовой ветлазарете № 337 в должности начальника терапевтического, а затем заразного отделения. Своей энергичной и добросовестной работой в лазарете, умелой организацией и выполнением лечебных процессов принес большую пользу в деле восстановления работоспособности и возвращения в строй больных и раненых лошадей. За безупречную, добросовестную работу был награжден орденом «Красной Звезды» (Приказ №0923 от 14.08.1945 войскам 2-го Белорусского фронта, Наградной лист от 9 мая 1945 г.)