К началу войны политрук (старший лейтенант), ответственный секретарь бюро ВКП(б) 3-го батальона 7 воздушно-десантной бригады.

17 июля 1941г. группа бойцов 10 роты попала в окружение. Михаил Степанович организовал выход из окружения 35 человек, сохранив свое снаряжение и вооружение. Был легко ранен в левое плечо.

С 24 по 29 августа вновь выходил из окружения с группой бойцов батальона. Под д.Песчаное 40 бойцов и командиров под его руководством прорвались через вражеские цепи.

В ноябре 1941г. представлен к ордену Красной Звезды (приказ о награждении от 12 сентября 1942г.)

В сентябре 1942г. гвардии старший политрук (капитан), политрук роты 45 отдельного гвардейского стрелкового батальона 29 гвардейской стрелковой дивизии.

В районе Трехостровской батальон прикрывал переправу. После ранения комиссара батальона Михаил Степанович принял на себя его обязанности. Батальон вел бой с превосходящими силами противника. Уничтожил 3 танка и до 150 гитлеровцев. Сутки батальон держал оборону, ведя бой с 15 танками и большим количеством автоматчиков. Получив приказ к отходу, 12 километров к переправе на руках бойцы и командиры несли 60 раненых товарищей.

Приказом от 05 ноября 1942г. Михаил Степанович награжден орденом Красной Звезды.

Награжден медалью «За оборону Сталинграда».

02 февраля 1943г. получил ранения левых руки и ноги, и в бок.

С августа 1944г. гвардии капитан Агванян заместитель командира по политчасти 379 отдельного пулеметно-артиллерийского батальона (ОПАБ) 152 укрепрайона (УР) (командир батальона- майор Таширов Николай Иванович).

6 октября началась Таурагская операция 39 армии. Батальон участвовал в прорыве обороны на северном берегу р.Неман. С 10 октября наши части продолжили наступление на южном берегу р.Неман. 11 октября вышли на рубеж от города Сударги (современный Сударгас) и южнее до Режуке, вдоль восточного берега р.Шешуппе. На этом рубеже они оборонялись и готовились к наступлению.

17 января 1945 года батальон перешел в наступление. К 18-00 вышел к государственной границе СССР.

20 января подразделения совершали марш в район Сувалки. С этого рубежа перешли в наступление 22 января с 11-00 (Инстербургско-Кёнигсбергская операция). Наступательные бои шли до 27 января в районе Мазурских озёр.

Личному составу батальона объявлена благодарность Верхевного Главнокомандующего. Приказом от 11 марта 1945г. Михаил Степанович награжден орденом Отечественной войны II степени.

1 февраля части заняли рубеж обороны вдоль восточного берега пруда Ляутер (ныне пруд Чистый, Калининград). Батальоны вели разведку, подавляли огневые точки противника, уничтожали его живую силу.

7 февраля выступили маршем на Хайльсберг (Лидзбрак-Варминьски), далее на Вормдитт (Орнета, где находился противник. С 13 по 22 февраля батальоны штурмовали Вормдит и преследовали отступающего противника на север на Мельзак (Пенежно, Панкхаузен и Хогендорф (Высока Броневска).

22 февраля, выдвинулись маршем в направлении Эльбинг (Эльблонг).

С 25 февраля заняли оборону на рубеже вдоль восточного берега р.Ногат.

27 февраля, батальон двумя взводами выдвинулся на юго-западную окраину Хорстербуш.

До 17 марта батальоны, форсировав реку Ногат пробивались к восточному берегу реки Висла в районах Бервальде и Ной Мюнстерберг. В ночь на 18 марта маршем выступили через Эльбинг в район южнее Фрауенбурга (Фромборк). После нескольких дней боев, 25 марта батальоны 152 укрепленного района заняли оборону вдоль восточного побережья залива Фриш Гаф (Вислинский залив), имея задачу- не допустить высадки десанта противника на побережье. 379 ОПАБ находился в пункте Нойендорф в резерве.

30 апреля батальон выступил в Пилау, 01 мая занял оборону на косе Фриш Нерунг.

09 мая в батальоне проведен торжественный митинг, дан праздничный салют- израсходовано 35 снарядов калибра 76 мм.

Гв.майор Агванян награжден медалями «За взятие Кенигсберга», «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.».

В 1946г. награжден медалью «За боевые заслуги», в 1954г.- орденом Красной Звезды, в 1956г.- орденом Красного Знамени.

Службу окончил: 26.03.1959г.

В честь 40-летия Победы награжден орденом Отечественной войны II степени.