В Красной Армии с 1925г.

10 августа 1943г.в г.Подольск был сформирован 1 отдельный штурмовой стрелковый батальон. Батальон состоял военнослужащих командного (от младшего лейтенанта до майора) и политического (от младшего политрука до батальонного комиссара) состава, бывших в окружении, плену, проживавших на оккупированной территории. Майор Аганезов был назначен командиром батальона. 

14 сентября 1943г. батальон, сформированный из командно-начальствующего состава, находившегося в плену и окружении, прибыл в состав 39 армии. Численность батальона- 930 человек, из них более 300 человек- бывшие политработники. 19 сентября батальон был придан 47 механизированной бригаде.

С 25 сентября батальон участвовал в Рудненской операции, освободив населенные пункты, превращенный проивником в крупные узлы сопротивления: Шлюхина, Козлы, Глубокое 1-е, Филиппенки 2-е, Шмыри, Борисенки, Глинковщина, Аниськи, Альхутки, Горелое, Жичицы 1-е, Козинцы, Мертвино, Нохай, Касенки, Красный Двор. 

28 сентября Айрапет Карапетович был ранен.

29 сентября батальон в составе бригады участвовал в освобождении г.Рудня (Смоленская обл.).

С 07 по 10 октября батальон участвовал в Лиозненской операции. Начав наступление от дюЛошаки, батальон с боем овладел населенными пунктами Дрозды, Крупеня, Озерок. К утру 08 октября подошел к г.Лиозно (Витебская обл.). Умелым маневром, комбат очистил от врага южную окраину города, форсировал р.Мощна и оседлал высоту между городом и железной дорогой.

Потери батальона за время боев- убито 102 человека, ранено- 373, без вести пропало- 17.

Приказом от 19 октября 1943г. майор Аганезов был награжден  орденом Отечественной войны II степени.

12 ноября 1943г. назначен начальником армейских курсов младших лейтенантов (39 армия). Присвоено звание подполковник.

Первый выпуск младших лейтенантов состоялся в мае 1944г. Выпускники показали на испытаниях высокие результаты.

Приказом от 24 мая 1944г. подполковник  Аганезов был награжден орденом Красного Знамени.

В ноябре 1944г. за долголетнюю и безупречную службу награжден орденом Красной Звезды.

За высокие результаты в подготовке младших офицеров приказом от 30 апреля 1945г. награжден орденом Отечественной войны I степени.

За долголетнюю и безупречную службу Указом Президиума ВС СССР от 30 апреля 1945г. награжден вторым орденом Красного Знамени.

Участник Советско-японской войны. Вместе с курсантами восстанавливал несколько десятков километров железнодорожного полотна на участке Салунь- Ванемяо.

Приказом от 24 сентября 1945г. был награжден третьим орденом Красного Знамени.

Награжден медалями «За взятие Кенигсберга», «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941–1945 гг.», «За победу над Японией».

В ноябре 1950г. за долголетнюю и безупречную службу награжден орденом Ленина.

Вышел в отставку 08 июля 1952г.