Командир 2 батальона 195 стрелкового полка 181 стрелковой дивизии. 

07 июля 1941г. в бою за пос.Красный (Калининская область) батальон отбросил противника на 3км. При отражении контратаки Леонид Григорьевич был контужен.

В мае 1942г. направлен в 8 мотострелковую бригаду, формировавшуюся в п.Кузьминки Московской обл. Командир бригады подполковник  Савинов Иван Федорович.

Назначен командиром роты противотанковых ружей (ПТР) 3 мотострелкового батальона бригады. Командир 3 батальона старший лейтенант Малахов Иван Федорович. 

С 15 мая 1942г. бригада сосредоточилась в лесу у д.Подкопаево (Смоленская обл.), окопалась и заняла круговую оборону. Началась усиленная боевая подготовка личного состава.

С 16 по 23 июля 1942г. бригада, входившая в состав 8 танкового корпуса, совершила 350-км марш и сосредоточилась в районе д.Фомкино Московской обл.

С 01 по 04 августа 1942г. марш в район Погорелое Городище.

05 августа 1942г. 8 мотострелковая бригада и 93 танковая бригада, следуя в авангарде 8 танкового корпуса, из района Погорелое Городище, имели задачу- к 18-30 захватить рубеж Зеваловка- Пруды- Хлепень, блокировав р.Вазуза, и удерживать его до подхода главных сил корпуса.

06 августа 1942г. поступил приказ- выбить немцев из деревень Козлово и Горшково (Тверская обл.). Приказ был выполнен к исходу дня.

07 августа бригады вышли на рубеж Зеваловка- Пруды- Хлепень. 8 мотострелковая бригада удерживала переправу в Печора-Хлепень. За дни боев с 07 по 09 августа уничтожены 9 танков, артиллерийская батарея и до 200 солдат и офицеров противника.

08 августа в бою за д.Новоселки старший лейтенант Агафонов получил тяжелое ранение в левую руку. Его ротой в бою уничтожено 4 пулеметных точки и подбито 6 танков противника.

Уволен в запас 09 августа 1943г.

Работал военруком школы №61 (г.Москва).

31 октября 1944г. военным комиссаром Киевского райвоенкомата г.Москвы представлен к медали «За боевые заслуги», Указом Президиума ВС СССР от 06 ноября 1945г. награжден орденом Отечественной войны II степени.

Награжден медалью «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.».