Агафонов Даниил Иванович начал службу в 1932 г. матросом крейсера «Червона Украина», в Севастополе. В 1933 г. он поступил в Ленинградское Военно-морское училище имени М.В. Фрунзе. По окончании училища продолжил службу на Дальнем Востоке. С началом Великой Отечественной войны капитан-лейтенант Агафонов выполнял правительственное задание по приёмке военных кораблей у союзников и транспортировке их на Северный флот. В дальнейшем был командиром 2 отряда 4 дивизиона больших охотников Северного флота. Семья была эвакуирована в г. Алма-Ату Казахской ССР. В послевоенные годы Данил Иванович служил на Северном и Черноморском флотах. А последние годы жизни контр-адмирал Агафонов Д.И. работал в Центральном аппарате Министерства обороны. Был награждён орденами Ленина, Красного Знамени, Отечественной войны II степени, Красной Звезды и шестью медалями.