С начала Великой Отечественной войны поступил курсантом в Буйнакское военно-пехотное училище, которое окончил в звании лейтенанта. С 10 марта 1942 г. стал командиром взвода 54-й мото-разведроты 75-й стрелковой дивизии. Из воспоминаний Загира Агаева: «Помню, когда впервые попал на фронт, конечно, было страшновато: свист пуль, грохот разрывающихся снарядов, толпы раненых и умирающих. Воевал и никогда не забывал, что я – дагестанец». В 1943 г. закончил курсы Выстрел, (Высшие курсы командного состава), после чего стал командиром 130-й отдельной разведроты 138-й стрелковой дивизии. В ноябре – декабре 1943 г. выполнял правительственное задание в Ираке, где проходила Тегеранская конференция (Сталин, Рузвельт, Черчилль), и снова на фронт. За выполнение боевых заданий командованием на фронтах ВОВ награжден орденами «Отечественной войны I и II степени» и «Орденом Красной Звезды», 18 медалями, в том числе «За Победу над Германией». И это далеко не полный список наград Загира Агаева.После войны Агаев З. работал на разных должностях: инструктором обкома ВКП(б), первым секретарем Кайтагского РК КПСС, первым секретарем Акушинского района РК КПСС. Окончив высшую партийную школу, работал вторым секретарем Сергокалинского РК КПСС, инструктором Избербашского РК КПСС, заведующим отдела соцобеспечения Избербашского горсовета. Несколько лет работал в Мюрегинской средней школе директором и преподавателем истории и обществоведения.