Родился в сельской многодетной семье. С ранних лет трудился в поле с родителями. Окончил 6 классов семилетней школы. В 1939 году получил удостоверение  сельского механизатора и продолжил работать в Бударинском колхозе. Был трактористом, руководил тракторной бригадой, и везде характеризовался как исполнительный, честный и добросовестный работник. Неоднократно награждался сельской администрацией, был премирован как примерный труженик и инициативный общественник.

В 1943 году, приписав себе один год к реальному возрасту, добровольно вступил в ряды Советской Армии. Службу проходил вначале в 50 запасном стрелковом полку, где получил воинскую учётную специальность «орудийный мастер зенитной артиллерии». В дальнейшем был направлен на фронт и служил в 383 зенАП, дислоцированном в Венгрии.

 За время службы неоднократно принимал участие в отражении воздушных атак противника. В боях проявлял смекалку и разумную инициативу, за что неоднократно поощрялся командованием дивизиона и артполка.  За мастерство и ревностное содержание материальной части в исправности и готовности к боевому применению «Награжден знаком «Отличный зенитчик». За успешное выполнение задач командования на фронтах Великой Отечественной войны награжден медалью «За победу над Германией».

В конце 1950 год, отслужив в Советской армии 7 лет и 2 месяца, сержант М.И. Афонин вернулся на родину и продолжил трудовую деятельность в родном колхозе. В дальнейшем за высокие трудовые показатели был награждён государственными наградами:  орденом «Трудового Красного знамени» и медалью «За трудовую доблесть».  Являлся непременным участником выставки достижений народного хозяйства. В 1958 году был награждён серебряной медалью ВДНХ и Почётной грамотой Главного комитета Всесоюзной сельскохозяйственной выставки.