Афанасьев М.И. с августа 1942 г. по март 1943 г. проходил военную подготовку в Сорочинском зенитно-пулеметном училище, по окончании которого получил воинское звание-младший лейтенант.  Командовал вторым взводом 3-й роты одиннадцатого зенитного пулеметного полка. В апреле 1944 г. Взвод под командованием младшего лейтенанта Афанасьева сбил немецкий самолет-Юнкерс-88(А-1) . В ходе тяжелых боев возле города Коростень Житомирской области, при обороне железнодорожного моста на реке Уж Михаил Иванович 24 марта 1944 г. был тяжело ранен: правый глаз перестал видеть, из-за осколочного ранения была ампутирована правая рука. Пролежав три месяца в госпитале, Михаил Иванович был демобилизован по состоянию здоровья.

 За участие в боевых действиях был награжден орденом Красной Звезды, орденом Отечественной войны I степени и юбилейными медалями.