Иван Афанасенко родился 16 января 1923 года в станице Нижне-Стебелевка (ныне — Старонижестеблиевская Красноармейского района Краснодарского края) в крестьянской семье. Получил начальное образование, после чего был охотником. В марте 1942 года Афанасенко был призван на службу в Рабоче-крестьянскую Красную Армию. С августа того же года — на фронтах Великой Отечественной войны. К декабрю 1944 года гвардии ефрейтор Иван Афанасенко был сапёром 66-го гвардейского отдельного сапёрного батальона 59-й гвардейской стрелковой дивизии 46-й армии 2-го Украинского фронта.

Отличился в боях во время форсирования Дуная. В ночь с 4 на 5 декабря 1944 года Афанасенко первым из своего подразделения переправился через реку под ураганным огнем, подавив вражеский пулемет, и весь следующий день занимался перевозками боеприпасов сражающимся частям советских войск и раненых в тыл.

Указом Президиума Верховного Совета СССР от 24 марта 1945 года Иван Афанасенко был удостоен высокого звания Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда».

Продолжал воевать до Победы, участвовал в Венской наступательной операции. Вновь отличился 10 апреля 1945 года, пулемётным огнём с земли сбив немецкий самолёт.

Имеет множество иных наград в том числе  ордена Отечественной войны 2-й степени и Красной Звезды, Медалями За Отвагу, За боевые заслуги   а также рядом иных медалей