Родился в семье уральского рабочего. Выучился на мастера по обработке камня а потом на токаря по металлу. В августе 1917 стал большевиком. С 29 мая 1918 года воевал с белогвардейскими и чехословацкими частями, много раз участвовал в боях, имел ранение и контузию.

С 1922 года занимал различные гражданские партийные и хозяйственные должности.

В 1931 году был вновь призван в Красную Армию.

С 1933 года служил в составе 2 Отдельной Военно-Строительной бригады Особого Военно-Строительного корпуса НКО. Работал на дальнем востоке на строительстве Комсомольска на Амуре.

В марте 1941 года 183-й Отдельный Военно-Строительный батальон из под Благовещенска был передислоцирован для строительства оборонительных сооружений на Литовско-Германской границе. Ваганов Петр Васильевич служил в нем военкомом.

Война застала семью Петра Васильевича на самой границе. По воспоминаниям его дочери Нинеллы, отец утром 22 июня взял пистолет, сказал, что пришлют машину и ушел в часть. За семьями военнослужащих прислали грузовики. Эвакуировались под бомбежкой. В один из грузовиков попала бомба. К счастью, семье Вагановых удалось эвакуироваться на Урал к родителям Петра Васильевича. Батальону удалось выйти из окружения.

В течении войны Ваганов Петр Васильевич занимал различные должности, в частности, был заместителем начальника 65-го Управления Военно-Полевого Строительства, 20 Управления Оборонного строительства Красной Армии по политчасти. Работая во фронтовой полосе очень много раз был под артиллерийскими обстрелами и бомбардировками.

После войны продолжил службу. Был уволен в запас по выслуге лет в 1953 году.

Награждён 3 орденами Красной Звёзды, Орденом Красного Знамени, орденом Отечественной войны II степени, медалями.