Участник Польского похода Красной Армии.

Призван из запаса по мобилизации в июне 1941г.

Назначен начальником хирургического отделения полевого подвижного госпиталя ППГ 2319 Юго-Западного фронта.

В ноябре 1941г. в Курской области на базе 3 воздушно-десантного корпуса формировалась 87 стрелковая дивизия. 

Военврач 2 ранга Сомах служил командиром операционно-перевязочного взвода 59 отдельного медико-санитарного батальона 87 стрелковой дивизии.

19 января 1942г. дивизия была переименована в 13 гвардейскую стрелковую дивизию, 59 медико-санитарный батальон- в 15 гвардейский.

Яков Борисович работал в должности главного хирурга. Подготовил пять молодых хирургов. Читал лекции по военно-полевой хирургии для врачей и военных фельдшеров.

В конце ноября 1941г. части дивизии вели бои за г.Тим. Далее, вела бои на курско- касторенкском направлении.

В периоды боевых операций дивизий Яков Борисович по двое суток не отходил от операционного стола, проводя операции и консультируя молодых врачей.

К началу февраля 1942г. провел 45 сложных операций. Его работа получила высокую оценку санитарного управления Юго-Западного фронта, начальника санитарной службы 40 армии. Командование дивизии наградило Якова Борисовича именными часами и представило к присвоению очередного воинского звания.

В начале февраля 1942г. военврач 2 ранга Сомах был представлен к ордену Красной Звезды. Приказ о награждении от 05 ноября 1942г.

Дивизия участвовала в обороне Сталинграда. Войдя в сентябре 1942г. в состав 62 армии, в ночь с 14 на 15 сентября начала переправляться через Волгу, имея задачу- выбить противника с прибрежной полосы и оборонять центральную часть города.

С 15 по 28 сентября 1942г. Яков Борисович участвовал в проведении 231 операции и 154 перевязок.

30 сентября 1942г. гвардии военврач 1 ранга Сомах был представлен командиром медсанбата военврачом 2 ранга Пустовойтовым Владимиром Александровичкм к ордену Красной Звезды. Приказ о награждении от 29 декабря 1942г.

К 1945г. служил в составе эвакуационного госпиталя ЭГ 3321. Госпиталь находился в г.Кечкемет (Венгрия).

К декабрю 1945г. служил старшим хирургом эвакуационного госпиталя ЭГ 278.

Майор медицинской службы Сомах вышел в отставку 28 марта 1946г.