Вероятно, служил в составе 18 тяжелого бомбардировочного авиаполка.

Участвовал в Советско-финляндской войне.

Указом Президиума ВС СССР от 20 мая 1940г. был награжден орденом Красного Знамени.

В апреле 1941г. на базе 13 отдельной авиационной эскадрильи в г.Ставрополь формировался 272 истребительный авиационный полк. Командиром полка был назначен капитан Семенко Виктор Михайлович. С 01 сентября временно исполняющим должность командира полка назначен майор Соколов Александр Дмитриевич.

03 октября 1941г. находившийся в Ростове-на-Дону в составе 73 авиадивизии 272 истребительный авиаполк был переименован в 590 истребительный. 08 октября 1941г. командиром полка назначен майор Телегин Федор Михайлович.

Емельян Тимофеевич- начальник связи полка.

С октября по декабрь 1941г. полк участвовал в боях за Ростов-на-Дону.

26 декабря 1941г. командиром 590 истребительного авиаполка был назначен майор Соколов Александр Дмитриевич.

В 1942г. полк участвовал в боях на Донбассе и в Харьковской области.

С 24 апреля по 01 июня 1942г. капитан Рыбальченко исполнял обязанности начальника штаба полка.

22 мая 1942г. полк переименован в 590 штурмовой авиационный полк.

В конце 1942г. личный состав проходил переучивание на новую материальную базу- самолеты Ил-2 в 6 отдельном учебно-тренировочном авиаполку.

08 февраля 1943г. полк был преобразован в 43 гвардейский штурмовой авиационный полк.

Полк участвовал в обороне Кавказа, в освобождении Кубани.

В 1944г. полк участвовал в боях за Крым, освобождении Белоруссии.

Приказом от 18 июня 1944г. гвардии капитан Рыбальченко был награжден орденом Красной Звезды.

Награжден медалью «За оборону Кавказа».

В ноябре 1944г. за долголетнюю и безупречную службу награжден медалью «За боевые заслуги».

В 1945г. полк участвовал в Восточно-Прусской и Берлинской операциях.

Емельян Тимофеевич был награжден медалями «За взятие Кенигсберга», «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.».

За долголетнюю и безупречную службу в 1946г. был награжден орденом Красной Звезды, в 1951г.- орденом Красного Знамени.

Гвардии подполковник Рыбальченко вышел в отставку 08 апреля 1954г.

В честь 40-летия Победы был награжден орденом Отечественной войны II степени.