Направлен в формировавшуюся со 02 октября 1941г. на станции Кубинка 23 танковую бригаду.

В конце октября 1941г. бригада направлена на Западный фронт.

С ноября 1941г. бригада участвовала в обороне Москвы, взаимодействия с кавалерийской группой генерала Доватора и 316 стрелковой дивизией генерала Панфилова.

С мая 1942г. бригада была включена в состав 9 танкового корпуса.

В 1942г. бригада вела бои в Смоленской области.

К июлю 1943г. радист взвода связи роты управления 23 танковой бригады 9 танкового корпуса.

Участник Курской битвы.

Поддерживал бесперебойную связь с боевыми машинами. Будучи в разведке у высоты 257,0 ежечасно передавал в штаб бригады сведения о положении на переднем крае.

Приказом от 22 июля 1943г. сержант Губарев был награжден медалью «За боевые заслуги».

Назначен начальником радиостанции РБ.

Когда из строя выбыл радист, Владимир Трофимович один днем и ночью держал радиосвязь с танками бригады и со штабом корпуса. В тяжелых условиях боев неотступно следовал за командиром бригады, получая донесения и передавая приказы.

Приказом от 13 августа 1943г. был награжден орденом Красной Звезды.

Летом 1944г. бригада участвовала в прорыве обороны противника на р.Друть, прошла  с боями от Бобруйска до Бреста, участвовала в освобождении Польши.

В наступательных боях Владимир Трофимович входил с состав экипажа танка Т-34 командира бригады, обеспечивая бесперебойную связь со штабами бригады и корпуса.

Приказом от 07 августа 1944г. старший сержант Губарев был награжден вторым орденом Красной Звезды.

В январе 1945г. бригада прошла с боями от Вислы до Одера.

22 января 1945г., корректируя огонь танков в районе г.Калиш, Владимир Трофимович получил легкое ранение.

В феврале- марте бригада вела бои в Померании.

В период боев за г. Альтдамм (ныне Домбе (польск. Dąbie) район г.Щецин) под огнем противника держал связь с оперативной группой бригады.

В апреле-мае 1945г. участвовал в Берлинской операции и штурме Берлина.

К 23 апреля 23 танковая бригада продолжала наступление совместно с 150 стрелковой дивизией 79 стрелкового корпуса

25 апреля наводила переправу через канал Берлин-Шпандауэр-Шиффартс, и к 18-00, переправившись, вела бои на северной опушке Фолькс парк. 

29 апреля бригада переправилась через р.Шпрее и к 18-00, овладев первыми кварталами, вышла в район парка Тиргартен в 400м северо-западнее Рейхстага.

30 апреля к 12-00 завязала бои за Рейхстаг и, совместно с пехотой 150 стрелковой дивизии, овладев им, поставила Знамя Победы в центре города.

Приказом от 26 мая 1945г. старший сержант Губарев был награжден орденом Отечественной войны I степени.

Награжден медалями «За оборону Москвы» , «Зв освобождение Варшавы», «За взятие Берлина», «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941–1945 гг.».

Участник Парада Победы в составе 4 батальона сводного полка 1 Белорусского фронта (командир сводного полка генерал-лейтенант Рослый Иван Павлович).