Служил в составе 134 скоростного бомбардировочного авиаполка.

С июля 1941г. полк участвовал в боевых действиях.

Алфей Алфеевич- начальник связи эскадрильи полка.

Летал на самолете Ар-2 с летчиком Хрущевым Леонидом Никитовичем.

04 июля 1941г. экипаж бомбил переправу на р.Западная Двина у г.Дисна.

10, 11, 15 июля бомбил скопление немецких войск в районах Себеж, Сиротино, Городок, Полоцк- Невель.

20 июля- бомбили противника в районе Новосокольники.

27 июля экипаж вылетел в район Великие Луки. Экипаж выполнил задание, но был сбит в районе Изоча. Летчик Хрущев сумел дотянуть до запасного аэродрома Андреаполь и посадил самолет «на брюхо». Самолет скапотировал. 

Лейтенант Елинов получил перелом ноги и двух ребер. Был эвакуирован в госпиталь 1145.

В составе полка Алфей Алфеевич совершил 29 боевых вылетов.

В начале августа 1941г. лейтенант Елинов был представлен к ордену Красной Звезды. Приказ о награждении от 20 февраля 1942г.

13 сентября 1941г. был выписан из эвакогоспиталя ЭГ 361.

Совершил 160 вылетов на самолете У-2 (По-2) по вопросам связи командования с войсками Воронежского фронта. 

С 1942г. воевал в составе 4 дальнего разведывательного авиационного полка (командир полка майор Берман Семен Давидович, с января 1943г.-подполковник Артемьев Борис Павлович). На вооружении полк имел самолеты Пе-2, Пе-3, американские самолеты «Аэрокобра».

Штурман экипажа старший лейтенант Елинов совершил 10 боевых вылетов на разведку войск противника.

26 мая 1943г. был награжден орденом Красного Знамени.

В июне 1943г. полк был преобразован в 98 отдельный гвардейский разведывательный авиаполк. 

05 октября 1944г. командиром полка был назначен гвардии подполковник Звонцов Федор Федорович.

К февралю 1945г. стерший летчик-наблюдатель гвардии капитан Елинов совершил еще 20 боевых вылетов на разведку. Выполнил фотографирование военных объектов в Бреслау, Катовице, Лодзе, Кракове, Калише и др.

Приказом от 10 апреля 1945г. был награжден орденом Отечественной войны II степени.

Гвардии капитан Елинов был уволен в запас 09 декабря 1945г.