О начале войны дед узнал на рабочем месте и именно оттуда был призван  на фронт. Прошел обучение в пехотном училище под Ленинградом и был направлен командиром  минометного взвода 516 стрелкового полка 3 стрелковой дивизии Воронежского фронта. Особенно тяжело и опасно было в 1942 году, когда под Воронежем шли тяжелые бои. Практически от города ничего не осталось. Все вокруг обстреливалось так, что нельзя было голову приподнять. В августе 1942 года от разрыва мины младший лейтенант Цаплин Я.С. получил контузию позвоночника, но не смотря на это продолжил бой вместе со своим взводом. Находясь в обороне, он и его товарищи были взяты в плен немцами. В плену он находился в Германии, работал там чернорабочим. Условия их содержания были просто невыносимыми. 24.04.1945 года их всех освободили американские войска, а 13.05.1945 году пленные были переданы советским войскам. Яков Степанович был уволен в запас 9.12.1945 года из 993 стрелкового полка 3 стрелковой дивизии в звании младшего лейтенанта.